질병관리본부(본부장 정은경)는 의원급 의료기관용 신종 코로나바이러스 감염증 감염예방에 대한 관리지침을 발표했다. 이에 대해 대한의사협회(회장 최대집)와 전국 16개 시도 의사협회는 당사자인 의원급 의료기관들과의 충분한 사전협의도 없었고 현재 진료환경상 현실적으로 불가능한 지침이며, 상명하달 하듯 지침을 배포했다면서 이에 대한 규탄 성명을 발표했다.

정부가 발표한 관리지침에 따르면, 의원급 의료기관은 감염관리자를 지정해 감염예방 대책을 세워야 하고, 환자의 대기 구역이 과밀하지 않게 해야 한다. 또한 신고대상에 부합되는 환자가 발생하면 환자를 독립 공간으로 이동시키면서 다른 환자 및 방문객의 노출을 최소화 할 수 있는 동선으로 이동 시키라고 하고 있다.

이에 대해 의협 단체들은 정부가 신종 감염병의 위험으로부터 국민의 건강을 지키기 위해 관리지침을 세웠지만, 정작 이 지침을 실행해야 하는 의원급 의료기관의 현실을 반영하지 못한 지침이라고 지적하고 있다.
소수의 인력으로 운영되는 의원급 의료기관에서 감염관리자를 따로 지정해서 운영이 불가능할 뿐만아니라 대부분 병원 크기가 작고 협소한데 반해 대기구역을 과밀하게 하지 않아야 된다는 점과 환자 사이의 거리를 1미터 이상 유지와 신고대상 환자가 발생했을시 독립공간으로 이동시켜 노출을 최소화 하라는 점은 의원급 의료기관의 현실을 전혀 고려하지 않았다는 것이다.

또한 이런 지침의 마련과정에서도 문제점을 지적했다. 당사자인 의원급 의료기관의 의견을 수렴하는 과정이 없었고, 전문학회와 함께 지침을 마련하긴 했지만, 이런 지침이 실천가능한지에 대한 분석을 하지 않았고 이런 지침실행에 대한 사전 준비는 하지 않은채 일방적으로 지침을 발표했다는 것이다.

이런 일방적인 지침 하달에 대한의사협회와 각 시도 의사협회는 예전 메르스 사태에 이은 정부와 삼성서울병원간의 공방처럼 책임을 추궁하기 위한 수단으로 전락하는 것이 아닐지 의문도 갖고 있다고 했다.
실제로 복지부는 메르스 사태 당시 감염병 확산 책임이 삼성서울병원에 있다고 주장하며 소송을 제기했지만, 서울고등법원은 삼성서울병원에게 책임을 물을수 없다며 병원의 메르스 차단을 위한 노력 등을 인정한다는 취지의 판결로 복지부의 주장을 기각 했다. 현재 복지부는 해당 판결에 불복해 상고를 제기한 상태다. 이런 상황에서 의협 단체들은 현실적으로 불가능한 지침을 내려 또 책임을 의료계에 떠넘기려는 것이 아니냐는 의심을 할 수밖에 없다는 것이다.

의협과 의협 산하 단체들은 . "현장의 의원급 의료기관들은 중국으로부터의 감염원 차단조차 제대로 이루어지지 않는 상황에서 현실과 맞지 않는 사례정의에 따른 혼란을 감수하면서 마스크, 손소독제 등과 같은 기본적인 위생용품조차도 오직 개별 의료기관의 힘으로 어렵게 조달하면서 버텨나가고 있다. 확진자 발생으로 진료가 중단되면서 피해를 입는 의료기관이 하나둘씩 늘어가고 있는데도 정부는 아직까지도 구체적인 보상이나 지원 방안을 내놓지 못하고 있다"며, 의료계는 정부가 상명하달 할 수 있는 공공기관이 아니지만, 일방적으로 희생만을 강요당하고 있는 상황이라고 주장했다.

또한 정부와 복지부에 대해서 일방적인 명령을 내리지 말아 달라 호소하는 한편, 실현 불가능한 지침을 철회하고 실현가능한 지침을 마련 하기 위해 노력을 해달라고 강력히 촉구했다.